El futuro lejano, 5012. La repentina invasión aérea de la Tierra por ＜ Aliens ＞ y sus creaciones ＜Machine Lifeforms＞ llevó a la humanidad al borde de la extinción. El número superviviente de humanos que se refugiaron en la luna para organizar un contraataque utilizando soldados ＜android＞ para recuperar la Tierra. Sin embargo, la guerra llega a un punto muerto cuando las ＜Formas de vida mecánicas＞ continúan multiplicándose infinitamente. A su vez, la humanidad despliega una nueva unidad de soldados androides como arma definitiva: ＜YoRHa＞ Recién enviado a la Tierra ＜2B＞ se une a ＜9S＞, el analista actualmente estacionado allí, donde en medio de su misión, se encuentran con una miríada de fenómenos misteriosos. Esta es la historia de estos ＜androides＞ sin vida y su interminable lucha por el bien de la humanidad.